一、外汇局和银行必须按照《海关总署、中国人民银行、国家外汇管理局关于试点和推广进出口报关单联网核查系统的通知》的规定落实和使用核查系统进行报关单的真实性核查，遇有问题应立即上报。
二、使用核查系统时，判断报关单真实的标准为在输入报关单的“经营单位代码”和报关单的“预录入编号”后，核查系统显示有此报关单，并且查询到的报关单电子底帐的有关信息与纸质报关单上的经营单位（包括海关企业注册登记号）、收货单位、贸易方式（1998年10月1日至1999年1月15日期间，纸质报关单上贸易方式一栏为“合资合作”、“外资设备”的，海关在处理电子数据时分别调整为“外商加工”、“外商投资”，因此上述这段期间内海关签发的纸质报关单与电子底帐有此差异时，可视为相同）、单价、币制和数量内容相同（由于单价和数量保留小数的位数不同造成报关单电子底帐与纸质报关单有差异时，可视为相同）。
三、经核查系统核查为真实的报关单方可凭以售付汇和核销。外汇局和银行核定进口单位实际申请的售付汇或核销金额，应以发票等商业单据载明的金额为准，但最高不得超过纸质报关单的成交总价的等值外汇，并且也不得超过纸质报关单上的单价与数量的乘积的等值外汇。
但个别情况下单价或数量出现小数位过长截断后，其乘积与成交总价可能出现合理差异，可视为正常情况。
四、经核查系统核查无误予以售付汇和核销后，外汇局和银行应当将该报关单的电子底帐打印输出，将打印输出的资料与其他单证一并装订留存。
外汇局和银行在办理售付汇和核销手续时，应当按照《海关总署、中国人民银行、国家外汇管理局关于试点和推广进出口报关单联网核查系统的通知》的要求，在报关单的电子底帐上核注实际售付汇或核销的币制和金额。
当已按合同、发票等商业单据载明的金额全额售付汇或者一份报关单的可售付汇或核销金额全部核注完毕后，应当用“核销结案”功能将该报关单的电子底帐做结案处理。
五、当一张报关单需在外汇局和银行之间多次使用时，外汇局或银行均应当按实际核销或售付汇的币制和金额核注该报关单的电子底帐并在报关单（原件）上注明已核注的币制、金额和日期，签字并加盖业务章，留存复印件，将报关单（原件）退进口单位，当该报关单的电子底帐被核注满额时，由该外汇局或银行使用结案功能将此报关单做结案处理，并留存该报关单（原件）。
六、外汇局和银行对进口日期在1998年9月1日以前的报关单和1999年5月1日前进口单位还没有领到“企业IC卡”的，仍应按国家外汇管理局和海关总署发布的《关于规范进出口货物报关单“二次核对”工作的通知》将报关单送签发地海关进行二次核对。
七、从1999年6月1日起，对报关单上的经营单位与申请售付汇或核销的进口单位不一致的，其报关单的真实性以及经营单位与进口单位之间的代理关系由该进口单位所在地的外汇局审核，报关单电子底帐的核注或结案由该外汇局在审核报关单的同时完成；无误后，方可办理售付汇和核销手续。
银行凭外汇局核发的、备案类别为“真实性审核”的“进口付汇备案表”办理此类货到付款项下的售付汇。1999年6月1日之前，外汇局和银行仍参照本规定第六条的规定将报关单送签发地海关进行二次核对。
八、进口单位办完结关手续后次日，即可通过核查系统核查有关报关单。
对核查不到的报关单，由外汇局、银行或进口单位通过核查系统提供的功能或热线电话向海关总署或有关海关联系，由海关负责补录电子数据。
九、从1999年5月1日起所有进口单位的核销报审和货到付款项下的售付汇均凭该进口单位的“企业IC卡”办理。凡不在外汇局发布的“对外付汇进口单位名录”内的进口单位，按照《贸易进口付汇核销监管暂行办法》第九条的规定仍不得直接向银行办理进口售付汇事宜。
十、经海关批准，进口单位更改“海关企业注册登记号”后，应当及时到有关海关重新申领“企业IC卡”。
十一、自1999年4月1日起，海关签发外汇核销用报关单不再加贴防伪标签。包括补签发报关单。
十二、为保证进出口报关单联网核查系统的使用，各外汇局、外汇指定银行将本单位所需备用读卡器数量汇总后向所在地直属海关申请，并按规定办理有关申领手续。
读卡器出现质量问题，请立即通知所在地直属海关，由该海关统一协助办理换领读卡器有关事宜。
十三、本通知自1999年4月15日起开始实施，1999年1月18日国家外汇管理局发布的《关于使用进出口报关单联网核查系统有关问题的通知》（汇发（1999）21）号同时废止。
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